1985年，中國文化學院改制，中華學術院佛學研究所停止招生；聖嚴法師遂另創中華佛學研究所於北投，自任所長。
1986年北投「中華佛教文化館」改建為新大樓，提供作為佛學研究所的校舍。1987年向教育部申請立案，於同年7月1日奉准正式成立，該年也發行《中華佛學學報》創刊號。
之後於1992年由方甯書教授繼任所長；1996年李志夫教授接任，至2006年12月止。其後，李教授申請榮退，由果肇法師代理所長一年整。2007年12月26日則由果鏡法師接任所長職。
2001年，位於金山的法鼓山世界佛教教育園區第一期工程完工，中華佛學研究所遷入，法鼓山僧團也新創僧伽大學佛學院，法鼓山「大學院教育」至此規模初具，步上嶄新里程。
