一、以漢傳佛教為興學主軸
聖嚴法師傳承了漢傳佛法的兩大特色：
第一，將原本艱澀難懂的佛學名相，轉化為現代人可接受且明白的語詞，並融入一般人的生活中。第二，融會漢傳佛教之中的各宗派。
法師以漢傳佛教的特色與精神為興學主軸，興辦佛學院，培養佛教的研究人才。

二、以心靈環保為辧學理念
聖嚴法師依法鼓山的理念「心靈環保」來辦學，是與一般大學最大的不同之處。法師希望栽培出來的學生，都是「提昇人的品質，建設人間淨土」理念的推動者、建設人間淨土的青年人才。

三、與法鼓山三大教育扣合
法鼓山所提倡的全面教育，即「大學院、大普化、大關懷」三大教育。
三大教育環環相扣，大學院教育就是為大普化、大關懷兩種教育培養人才；大普化教育、大關懷教育則是大學院教育的著力之處。

四、以健全人格發展為宗旨
法鼓山辦學首重學生健全人格的發展，包括：對眾生的關懷、對社會安定的責任感……這些健全人格的範疇，即辦學宗旨所在。
期望學生在學校受教育後，性格穩定，具品德、修養並能承擔的領導人才。

五、著重社會服務與關懷
一般招生之外，還有與政府、民間企業共同合作，推出各種普化、關懷的課程，讓學術走入民間，為社會大眾服務。聖嚴法師期許培育出的學生，都是著重社會服務和關懷的人才，包括對弱勢階層的照顧。